İskenderun’un kuruluşu, tarih öncesi devirlere dayanmaktadır.Karaağaç mıntıkasında Telliköy adını taşıyan höyükte Mc.Ewan’ın bulduğu bazı çanak çömlek parçaları buranın antik çağ öncesi yerleşime açıldığını göstermektedir.M.Ö. ikibinli yıllarda, burada Hititlere bağlı Kadu beyliğinin kurulduğu bilinmektedir.(Kadu Hititçede körfez anlamına gelmektedir.)M.Ö. 1200’lü yıllardan önce Fenikeliler burada Myrioydus adı ile bir koloni kurdular.Burası M.Ö. 1200’den sonra, merkezi Reyhanlı(kuruluo) olan geç devir Hattini krallığına bağlandı.M.Ö. 7.yy’da Türk asıllı bir Millet olan Hurrilerin eline geçen İskenderun ve çevresi M.Ö. 6.yy’da da Peruların eline geçti.
       Büyük İskender’e izafe edilerek, M.Ö.333 senesinde Antigone tarafından Alexandreia ismi ile kuruldu. Roma hakimiyeti başladıktan sonra, İranlıların istilasına uğrayan kalesi tahrip edilip, bilahare yeniden inşa edilen şehrin adı Peutinger Tabulalarında, bu havalide cüzzam hastalığının, yayılmış olduğu söylentisi ile,’’Alexandreia Scabiosa’’ olarak gösterilmektedir. Nihayet yine tefrik maksadı ile, 4.asırdan itibaren buraya Küçük İskenderiye de denilmiştir.7. Asır ortalarından itibaren İslam hakimiyeti  altına giren bölge, Kinnasrin Halep cündüne ithal edildi ve hisarı muhtemelen Abbasi halifesi tarafından yeniden inşa ettirildi.İslam kaynaklarında ismi İskenderiye, İskenderun’a olarak geçen şehir şarki Roma-İslam rekabeti sırasında defalarca el değiştirmiş, Büyük Selçuklu Devletine, sonra Eyyübilere geçmiş, 1.Haçlı seferi sırasında, Tancrede tarafından zapt edilmiş, (1097) Antakya Dukalığının 8. Asır ortalarında, Mısır Memlük devleti tarafından ortadan kaldırılması üzerine, 14. ve 15. Asırlarda buraları Memlükler’in Halep valileri ve bazen de Dulkadirler emaretini nüfus sahasında kalmış, nihayet 16. Asrın ilk yarısında Osmanlı hakimiyeti altına girmiştir.
       Osmanlı idaresinde seçkin bir hayat sürdüren İskenderun ve çevresi, 1607 yılında Sadrazam Kuyucu Murat Paşa ile asi Celali Canbolatoğlu arasında Oruç ovasında meydana gelen savaş dolayısıyla hareketli olaylara şahit oldu. 17.yy’ın başlarında ise, Halep Valisi Nasuh Paşa, bu günkü varyant yolu ile Güzün deresi kanalının kesiştiği noktada, hala bazı duvar kalıntılarının görüldüğü kalenin inşaatını başlatmıştı.1832 yılında Kavalalı Mehmet Ali Paşa’nın oğlu İbrahim Paşa’nın kumandasındaki Mısır Ordusu, Ağa Hüseyin Paşa kumandasındaki Osmanlı Ordusu’nu Belen geçidinde ağır bir yenilgiye uğrattı. İskenderun bundan sonra kısa bir süre için Kavalalı Mehmet Ali Paşa’nın yönetimine girdi.1839’da Tanzimat ile birlikte yapılan idari düzenleme ile İskenderun, Payas ve Belen ile birlikte Adana eyaletine bağlandı.
       1872 depremi, İskenderun’da da çok büyük hasara neden oldu.1881 yılında Maliye Müfettişi Mesut Bey, İskenderun hakkında detaylı bir bayındırlık raporu hazırlayarak Maliye Nezaretine sundu. Bu rapor üzerine, demiryolunun İskenderun’a bağlanması kararlaştırılmış, liman genişletilmiş ve İskenderun-Halep şosesinin yapımı hazırlanmıştır.
       1912 yılında Bağdat demiryolunun tali bir hattı olarak Toprakkale-İskenderun demiryolu işletmeye açılarak şehrin Anadolu ile olan ulaşımı yoğunluk kazanmıştır. Mondros Ateşkes Antlaşması imzalanması üzerine 12 Kasım 1918 günü İskenderun Fransız askerleri tarafından işgal edildi.İşgali müteakip teşkil eden Türk çeteleri ile Fransızlar ve onların desteklediği Ermeni milisler arasında kanlı çarpışmalar meydana geldi.21 Ekim 1921 günü, Fransa ile imzalanan Ankara itilafnamesi doğrultusunda Hatay’da İskenderun Sancak İdaresi kuruldu.Fransa’nın Suriye’ye bağımsızlık tanıması için yapılan çalışmalar üzerine, Türk Hükümetinin müdahalesi ile Milletler Cemiyeti’nin kararı doğrultusunda bağımsız Hatay Devleti’nin kurulması yolunda önemli adımlar atıldı.15 Nisan 1938’de Bağımsız Hatay devleti kuruldu.Aynı gün Hatay Meclisi yasama çalışmalarına başladı.Fransızların baskısıyla Suriye’nin hududunu kapatmasıyla başlayan ilhak hareketi neticesinde bir yıl sonra, bu meclis Hatay’ın Anavatana ilhakı kararı alınca, İskenderun da Türkiye sınırlarına dahil oldu.
5 Temmuz 1938 günü, Türk Ordusu İskenderun’a girdi.